Microbiologie
Identification probabiliste (numérique)
L'identification numérique repose sur l'utilisation d'une base de donnée.
L'identification d'une souche consiste à comparer de façon mathématique le profil d'une souche inconnue avec
celui des différents taxons de la base de données.
1. La base de donnée est constituée des % de réactions positives (P) de chaque test pour chaque taxon recensé.
2. La fréquence d'apparition des réactions (F) observées est calculée de la façon suivante:
- si le caractère est + : on retient le % divisé par 100
- si le caractère est - : on retient le 1 - (% divisé par 100)
Remarque : le vrai calcul diffère très légèrement car tient compte des risques d'erreurs de lecture. Ceci explique
que le chiffre 0,99 est retenu pour 100% (au lieu de 1) et de 0,01 pour 0% (au lieu de 0).
3. La fréquence d'apparition du profil (PO) est obtenu en faisant le produit de l'ensemble des fréquences
d'apparition des réactions pour chaque taxon.
4. Le % d'identification (%Id) est obtenu en divisant la fréquence d'apparition du profile par la somme de
toutes les fréquences d'apparition des différents taxons.
Le %Id exprime la proximité relative du profil aux différents taxons.
5. Les taxons sont ensuite classés par valeur décroissante du %Id.
6. Un indice de typicité T est calculé à partir des fréquences modales (calcul non décrit ici).
L'indice T varie de 0 à 1 : il exprime la proximité du profil au taxon, autrement dit le nom et l'importance des tests « à l'encontre ».
Exemple (pour comprendre....) : utiliser la base de données ci-jointe.
On considère les profils suivants:
On suppose pour le profil 4 qu'un taxon E supplémentaire soit présent dans la base de données.