Biochimie
LES ACIDES NUCLEIQUES
INTRODUCTION
Les acides nucléiques sont des macromolécules présentes dans toutes les cellules vivantes et également chez les virus.
Ils constituent le support de l'information génétique (sous la forme de l'ADN); le moyen d'expression de cette information (sous forme de l'ARN).
Ce sont des polymères d'unités élémentaires appelées nucléotides.
Dans la cellule, ils existent soit libres, soit associés à des protéines pour former des nucléoprotéines.
Il ne faut pas oublier que les nucléotides sont non seulement les éléments de base des acides nucléiques, mais aussi des molécules jouant un
grand rôle dans le métabolisme intermédiaire: stockage de l'énergie sous forme d'ATP, co-enzymes: NAD+, NADP+, FAD, co-enzyme A.
Du point de vue structural, les nucléotides se distinguent des monomères des autres
macromolécules car ils peuvent être eux-mêmes hydrolyses en 3 constituants:
- une base hétérocyclique azotée,
- un pentose
- et un acide phosphorique.
C'est sur la base de la nature du pentose (ribose ou désoxyribose) que l'on distingue les 2 types d'acides nucléiques: ADN ou ARN.
- les acides désoxyribonucléiques (ADN ou DNA in english) sont présents essentiellement dans le noyau des cellules eucaryotes, associés
à des protéines pour former les chromosomes. C'est d'ailleurs parce qu'ils ont été isolés la première fois du noyau des
cellules qu'ils ont été appelés "acides nucléique"; nous allons voir qu'il en existe ailleurs, mais ce terme a néanmoins été conservé. Chez les
procaryotes, le génome est également constitué d'ADN, mais il n'existe pas de compartiment particulier. Certains virus contiennent aussi de
l'ADN. On trouve également de l'ADN dans les mitochondries et dans les chloroplastes des cellules photosynthétiques.
- les acides ribonucléiques (ARN or RNA) sont principalement situés dans le cytoplasme.
On distingue les ARN messagers (ARNm), les ARN de transfert (ARNt) et les ARN ribosomiques (ARNr). Le génome de certains virus est constitué d'ARN (rétrovirus).
L'étude des acides nucléiques s'articule autour de plusieurs thèmes:
➢ Etude structurale
- les nucléosides et les nucléotides
- les acides nucléiques: structure primaire et spatiale, séquençage
➢ Etude fonctionnelle
- l'information génétique: notion de gène
- la conservation de l'information génétique: réplication de l'ADN = synthèse d'ADN identique à l'ADN initialement présent. Elle permet la constance du génome.
- l'expression de l'information génétique: transcription et traduction. La transcription est la synthèse d'ARN messager à partir d'ADN. Cet ARN
messager dirige la synthèse des protéines: la séquence des acides aminés est imposées par celle des nucléotides: c'est le code génétique.
➢ Applications technologiques: le génie génétique
C'est l'ensemble des techniques qui permettent d'effectuer des constructions d'ADN.
LES NUCLEOSIDES ET NUCLEOTIDES
Les nucléotides sont les monomères des Acides nucléiques. Leur hydrolyse totale aboutie à 3 types de constituants: 1 base, 1 pentose,
1 acide phosphorique.
Base + Pentose = Nucléoside
Base + Pentose + Acide Phosphorique = Nucléotide
1. Constituants Des Nucléosides Et Nucléotides
Bases azotées
Elles sont de 2 types, dérivant de bases hétérocycliques: Pyrimidine et Puirine.
On distingue ainsi 2 séries de bases:
- les bases pyrimidiques, dérivées de la pyrimidine:
On trouve des bases mineures dans les ARNt et également dans l'ADN de certains virus (stratégie d'échappement aux DNases probablement...)
Il existe quelques bases "rares" que l'on trouve dans certains ARN (notamment chez ARNt). Citons l'hypoxantine.
Pentoses
Il s'agit:
- du ribose (sous forme β-D ribofuranose): constitutif de l'ARN
- du désoxyribose (sous forme β-D 2-désoxy ribofuranose): constitutif de l'ADN Les atomes de C ont la particularité d'être numérotés de 1' à 5'
(cf plus loin)
.
Ne pas confondre avec un numéro du cyle, ici ' = Ribose
Acide phosphorique
2. Structure Des Nucléosides Et Nucléotides
Nucléoside
Ils résultent de la liaison entre une base azotée et un pentose. On dit que se sont des hétérosides azotés. Avec une liaison
N-glycosidique qui se fait toujours entre le C1' du sucre et l'azote N9 de la base purique ou bien l'azote N1 de la base pyrimidique.
Nomenclature: chaque nucléoside est désigne par un nom a suffixe:
- « osine » pour les bases puiriques
- « idine » pour les bases pyrimidines
Pour les désoxyribonucléotides on fait précéder le nom du préfixe "désoxy" (abréviation:d)
ex: (désoxy )adénosine, guanosine, cytidine, uridine, thymidine.
Convention: on numérote les C du pentose par 1', 2', 3'... pour qu'il n'y ait pas de confusion avec la numérotation des atomes (C et N) de la base.
Nucléotides
Ils résultent de la condensation d'un nucléoside avec 1, 2 ou 3 acides phosphoriques= ce sont des esters phosphoriques des nucléosides.
Les nucléotides sont donc des nucléosides mono, di ou tri-phosphates. Le premier phosphate est lié au C5' (ou C3') du pentose. Les
autres phosphates se lient au 1er groupement par liaisons "anhydride acétique" (liaisons "riches en énergie", cf plus loin).
Notons que pour les désoxyribonucléosides, seuls les isomères 5' et 3' existent, alors que peut exister en plus, pour les ribonucléosides
l'isomère 2' (rare cependant).
Nomenclature: - on utilise le nom du nucléoside, suivi de mono-, ou di-, ou tri-phosphate.
- chaque nucléotide monophosphate est appelé:
acide + radical de la base + suffixe
Les abréviations sont XMP ou XDP ou XTP
ex: CMP = cytidine monphosphate = acide cytidylique
AMP = adénosine monophosphate = acide adénylique
En résumé:
3. Propriétés
Liées aux bases
Tautomérie
Il existe un équilibre naturel entre la forme « céto » C=O et la forme C-OH du à un phénomène de résonance avec délocalisation des électrons de la double liaison.
Liaisons H
Les bases peuvent établir des liaisons H, très importantes dans la structure secondaire des acides nucléiques.
Absorption dans l'UV
Les bases absorbent beaucoup dans l'UV entre 250nm et 280nm.
=> dosage des acides nucléiques à 260nm
Liées au ribose
dérivés furfuraliques, colorimétrie, cf glucose
4. Fonctions
Nucléosides monophosphates: constituants des acides nucléiques
L'ARN est un polymère de ribonucléosides monophosphates: AMP, CMP, UMP et GMP. Nous verrons plus loin le mode de liaison.
L'ADN est un polymère de désoxyribonucléosides monophosphates: dAMP, dCMP, dTMP et dGMP.
Nucléotides isolés
Certains ont des fonctions importantes dans la cellule,
* Molécules énergétiques: ATP, GTP
* Seconds messagers: AMPc
* Coenzymes: CoA (coenzyme de transfert de groupements acétyl), NAD+ (coenzyme d'oxydo-réduction)